La fundación de la actual Algimia es de origen árabe, de cuya lengua tomó el nombre, que significa «lugar de reunión, mezquita». Terminada la Reconquista, los lugares de la “vall de Almonecir” – todavía poblados por los musulmanes- fueron concedidos por el Rey D. Jaime el 23 de mayo de 1.238 a Berenguer de Palou, obispo de Barcelona; como recompensa a la ayuda que le había prestado en la conquista del reino musulmán de Valencia.
En octubre de 1.245, Guillermos Montclos cofiesa tener en feudo “… toda la parte que el mismo Rey D. Jaime había dado a Berenguer, obispo de Barcelona…”. Posteriormente, pasó a manos de Rodrígo Díaz, al que le sucedió en el señorío Fernando Fernandez y, a éste, su hija Sancha que se casó con Jaime Pérez – señor de Segorbe-, hijo natural de Pedro el Grande. De esta forma, el señorío de Almonacid recayó bajo los dominios del Ducado de Segorbe.
En 1.523 y 1.526, se produjo en la Sierra de Espadán, en la que se halla enclavado el Valle de Almonacid, la revuelta de los moriscos. Al finalizar esta “…la Sierra quedó desarmada; las mezquitas, derruidas; los libros del Corán, quemados; y los habitantes obligados a convertirse al Evangelio”.

El 8 de mayo de 1.581, el Valle de Almonacid fue vendido por D. Antonio de Cardona a Dionisio de Reus, por un precio de 33.000 libras; pero poco duraron estos lugares en su poder pues el 4 de septiembre de ese mismo año, Dionisio hacía “donación de la Varonía y Valle de Almonacir, con su castillo y lugares de Ahín, Alfándiga, Mated, Pavias, Almedilla y Algimia, … a favor de la Ilustrísima Señora Doña Juana Henrríquez, Condesa de Aranda, …”. Con sus descendientes, los Ximénez de Urrea, se promulgaría el decreto de la expulsión de los moríscos, por lo que estos señores “ … se convirtieron en dueños absolutos de los bienes abandonados, lo que posibilita una refeudalización del campo al producirse el establecimiento de nuevos pobladores”. Este hecho tuvo lugar en mayo de 1.610, firmándose la carta-puebla de los lugares de “Ayr y Algimia de Almonacir” el día 1 de junio de ese mismo año por el entonces marqués de Almonacid, Pedro Ximénez de Urrea. A partir de este contrato enfitéutico se reanuda la vida municipal en la población: a principios del año 1.611 ya contaba con jurados oficiales, se solicitaba al obispo la residencia fija de un rector y se votaban entre el vecindario las fiestas que se iban a celebrar en honor a los santos Abdón y Senén, San Blas, Santa Ana, San Roque, Santa Tecla y San Antonio Abad.

Posteriormente, estas poblaciones recayeron en la IV marquesa de Castel Rodrigo, Leonor Moura y Moncada, al casarse esta en segundas nupcias con Carlos Homodei, marqués de Almonacir que en lo sucesivo utilizaría el apellido y título de aquella. Careciendo el matrimonio de hijos los títulos y posesiones de la casa fueron heredados por Juana – hermana de Leonor – casada con Gisberto Pio de Saboya, príncipe de San Gregorio; desde este momento, el marquesado tendrá continuidad en la Casa de Castel Rodrigo con Francisco (VI marqués), Gisberto (VII) e Isabel María (VIII), casada con Antonio Valcárcel Pérez Pastor.

En Algimia de Almonacid seguirá siendo – por poco tiempo – una población de señorío, pues su historia, a partir de principios del S. XIX, se desvinculará de los Castel Rodrigo para ser un “municipio libre” pero con un mismo término proindiviso con la Vall de Almonacid, produciéndose el desdoblamiento hacia finales del siglo pasado